Auf den bzflag-Servern werden drei unterschiedliche Spielmodi verwendet, die wir im Folgenden votstellen:

1. Free for all
Der klassische Shooter-Mode, bei dem es nur darum geht, die anderen abzuschießen und dadurch Punkte zu sammeln. Die Player sind in Teams organisiert, wobei auch Rogues zugelassen sind.
Free for all ist der auf den Servern am meisten eingesetzte Modus, da man keine großen Regeln beachten muss, sondern einfach losspielen kann.

2. Capture the Flag
Jedes Team hat eine Basis und eine Flagge. Nun müssen die Teams versuchen die Flaggen der anderen Spieler zu stehlen und zu ihrer Basis zu bringen. Man startet also bei seinem eigenen Hauptquartier, fährt zu einer anderen Basis, greift sich die hoffentlich dort zu findene Flagge und bringt sie zur eigenen Basis zurück, was zur Folge hat, dass alle Spieler der "gefangen" Flagge sofort zerstört werden. Leider gehen diese Kills allerdings nicht in die Stat-Liste ein, sondern bringen einem nur einen taktischen Vorteil.
So ist es bei sehr guter Teamabsprache möglich, dass ein Spieler die Flagge eines anderen Teams stiehlt, während ein anderer Player des gleichen Teams auf der gegnerischen Basis verweilt. Da alle gegnerischen, durchs Flagge abliefern getöteten Spieler, wieder bei der eigenen Basis auftauchen, ist es dann für den Wartenden denkbar einfach weitere Kills zu erzielen (indem er wild in die erscheinenden Spieler hineinschießt).
Leider wird das Flaggen-Stehlen auf manchen CtF-Servern derart vernachlässigt, dass der taktische Aspekt wegfällt und das Spiel zu einem einfachen Free for All verkommt. Dieser Vorgang wird vor allem durch einen vollen Server begünstigt, da es in einem sehr vollen und chaotischen Spiel viel zu schwierig ist, eine Flagge zu klauen. In leereren Servern kommt es in diesem Spielmodus aber zu sehr spannenden Matches.

3. Rabbit Hunt
Ziemlich neu ist der Rabbit Hunt-Modus, der aber auf Servern (noch) relativ selten eingesetzt wird. Hier gibt es keine festen Teams, sondern nur Jäger und Gejagten. Ein Spieler wird zufällig als "Rabbit" ausgewählt, was ein Jagen durch alle anderen Spieler zur Folge hat.
Ist das Rabbit getötet, wird ein anderer Spieler ausgewählt, der fortan von allen anderen gejagt wird.
Zu mehreren Spielern erwarten einen hier die chaotischsten Spiele überhaupt.